BMB511: Bioinformatik I

Ingen

• Have kendskab til grundlæggende molekylærbiologiske begreber og biokemiske processer. Herunder det centrale dogme, nukleinsyre- og protein struktur.
• Have et basalt kendskab til proteinkemi (BMB533 eller lignende forudsættes kendt)
• Kunne anvende internet og standard computerprogrammer

Gennem kurset skal den studerende opnå følgende kompetencer:

• Kunne anvende de for kurset relevante redskaber, formulere en kritisk vurdering af de opnåede resultater, forholde disse til hinanden og forklare principperne bag de anvendte værktøjer. Dvs. de skal kunne anvende bioinformatik i praksis.
• Kunne demonstrere viden om kursets emner, således at de er i stand til at identificere problemstillinger i hvilke disse emner er relevante og redegøre for, hvordan de redskaber, de har brugt i kurset, kan bruges i disse nye problemstillinger. Dvs. de skal kunne anvende denne viden reflekterende.
• Kunne beskrive og forklare relevante begreber i faget og forklare, hvilke biologiske fænomener og bioinformatiske udfordringer der knytter sig til begreberne.
• Være bekendt med metoder for at analysere biomedicinsk billeddata
• Udarbejde og formulere konstruktiv kritik af peers besvarelser.
• Erhverve sig viden om betydningen af biologiske databaser og dataanalyse i biologi ogbiomedicin
• Have forståelse for etiske dilemmaer i brugen af f.eks. nationale gendatabaser
• Kunne forstå, hvorledes naturvidenskabelig viden opnås ved et samspil mellem teori og eksperiment

• Have overordnet forståelse for bioinformatik og kende til de biomolekyler der typiske analyseres med bioinformatiske metoder.
• Kunne finde, ekstrahere og udnytte den information, der ligger i de vigtigste biologiske databaser og forstå deres opbygning og vigtigste karakteristika.
• Kende til og anvende bioinformatiske redskaber til at karakterisere og sammenligne nukleinsyre sekvenser.
• Kende til og anvende bioinformatiske teknikker til at undersøge og sammenligne proteiners sekvens, struktur og funktion.
• Forstå de vigtigste koncepter til at analysere og visualisere kvantitativ data fra omics eksperimenter.
• Forstå principperne bag gen-ontologi og dens anvendelse på molekylære netværk.
• Kende til koncepterne bag systembiologi.
• Kritisk evaluere om softwaren og dataanalyse fungerer effektivt (dvs. om analysen er korrekt og resultaterne kan tydes ordentligt).
• Kende til muligheder for at benytte machine learning og statistik til at besvare biologiske spørgsmål på baggrund af store datasæt.
• Forstå vigtigheden af open source kode og open data politikker og dertilhørende etiske overvejelser.
• Analysere digitale billeder dannet gennem optisk mikroskopi af biologiske prøver og kunne trække information om cellulære processer ud af billederne

• Bioinformatiske data og databaser
• Kvalitativ analyse af biomolekyler
• Kvantitativ analyse af biomolekyler
• Visualisering og fortolkning af data
• Systembiologi
• Billedanalyse
• Machine learning i biologi og biomedicin
• Etik i bioinformatik

• "Introduction to Bioinformatics” (5th edition) af Arthur M. Lesk.
• Udleverede noter.

Se itslearning for pensumlister og yderligere litteraturhenvisninger.

På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.

• Introfase: 20 timer
• Træningsfase: 22 timer, heraf: Laboratorieøvelser: 22 timer

Aktiviteter i studiefasen:

• Self- and peer assessments


• Assignment


• Artikler og bog-materiale

Introfasen består af forelæsninger, hvor der lægges op til dialog via spørgsmål både fra underviser og studerende og via små simple og relevante opgaver udleveret til forelæsningerne. Forelæsningerne introducerer kursets emner og supplerer indholdet i de relevante tekster med yderligere viden og perspektivering. Dvs. forelæsningerne indeholder læring, der ikke nødvendigvis kan genfindes i teksterne, men som kan findes i forelæsningsslides/noter.

I træningsfasen arbejdes selvstændigt, primært med brug af forskellige fagrelevante redskaber suppleret med teoretiske spørgsmål og øvelser i at beskrive, evaluere og forklare de opnåede resultater. De studerende har i træningsfasen adgang til dialog med instruktor og/eller underviser samt med medstuderende. De trænes i de i kursusbeskrivelsen beskrevne målbeskrivelser. Træningsfasen indeholder bl.a. self- and peer assessments, som afleveres og evalueres løbende under kursus. Disse indgår i forudsætningsprøven.

I studiefasen forventes de studerende at arbejde med selvstudium af litteratur og de af underviseren udvalgte artikler. Derudover forventes de at arbejde med diverse opgaver. 

Forelæsningerne (introfasen), teksterne (del af studiefasen) og øvelserne i træningsfasen er tænkt som et supplement til hinanden.

På kursets side i SDU's e-læringssystem findes der nærmere information om afleveringsfrist for forudsætningsprøvens delelementer og evt. genafleveringsmuligheder. Alle elementer skal afleveres, dvs. inklusiv peer reviews.