BMB535: Eksperimentel Proteomics - Karakterisering af cellulær signalering ved hjælp af kvantitativ proteomanalyse

01011501 (tidligere UVA) er identisk med denne kursusbeskrivelse. 

Kurset har deltagerbegrænsning og hvis der er flere tilmeldte end begrænsningen angiver, prioriteres de rettidigt tilmeldte efter dato for tilmelding. 

Ingen

• Have kendskab til grundlæggende molekylærbiologiske begreber og biokemiske processer (indholdet af BMB533 og BMB508 forudsættes kendt)


• Kunne anvende diverse almindelige it-værktøjer, deriblandt excel


• Kurset forudsætter aktiv deltagelse, herunder mundtlig fremlæggelse udført af de studerende i grupper


• Der forventes kendskab til generel laboratoriesikkerhed.

Kurset bygger oven på den viden, der er erhvervet på studiets 2. år og kobler elementer fra diverse kurser sammen i en molekylærbiologisk problemstilling, der er undersøgt eksperimentelt og relateret til informationer ekstraheret fra relevant litteratur.

I forhold til uddannelsens kompetenceprofil har kurset eksplicit fokus på at:

• Selvstændigt kunne planlægge og gennemføre forsøg med de anvendte metoder


• Give præsentation og videregive viden opnået på kurset


• Kritisk evaluerer de resultater, der opnås med de metoder, der benyttes i kurset


• I kurset indgår laboratoriebaseret projektarbejde, som giver personlig kompetence i organisering af arbejdet.


• Laboratorieprojekterne vil udføres som gruppearbejde, så kompetencer i samspil styrkes.

• Beskrive de grundlæggende principper bag tandem massespektrometri


• Forstå og fortolke data genereret ved tandem massespektrometri


• Beskrive forskellige metoder der anvendes til kvantitativ proteomics


• Forstå betydningen af post translationelle modifikationer for signalering i eukaryote celler


• Forstå principperne bag karakterisering af fosforylerede proteiner ved hjælp af tandem massespektrometri


• Forstå principperne bag arbejde med cellekulturer og knock-down af proteiner


• Redegøre for metoderne til validering af knock-down forsøg, inkl. Western Blotting, PCR og Selected/Parallel Reaction Monitoring (SRM/PRM)


• Benytte de i kurset anvendte bioinformatiske programmer

• Teori:




• Introduktion til proteomics og tandem massespektrometri


• Introduktion til fosforylering og karakterisering af cellulær signalering


• Introduktion til protein knock-down teknikker samt validering af knock-down effektiviteten v.h.a. Western blotting, PCR eller SRM/PRM.


• Introduktion til neural differentiering.




• Metoder/teknikker:




• Kvantitativ proteomics/fosfoproteomics (deriblandt oprensning og karakterisering af fosforylerede peptider)


• Tandem massespektrometri


• Bioinformatik (inkl. protein/peptid identifikation og kvantisering samt programmer til pathway-analyse)


• Western blotting


• SRM/PRM


• Celledyrkning


• RNAi knock-down


• (evt. andre metoder)

NB: Dette øvelseskursus udføres ifølge lovmæssige sikkerhedsanvisninger, men anvender eksperimentelle protokoller og kemikalier som er mistænkt for at være potentielt skadelige for gravide/ammende. Gravide/ammende studerende bør derfor kontakte kursusansvarlig i god tid før kursustilmelding eller så snart som muligt.

Se itslearning for pensumlister og yderligere litteraturhenvisninger.

På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.

Introfase: 15 timer

Træningsfase: 55 timer, heraf:

• Eksaminatorie: 15 timer
• Laboratorieøvelser: 40 timer

Aktiviteter i studiefasen:

• Læse kompendium
• Læse få artikler 
• Se på videoer
• Selvstændig forberedelse til laboratorieøvelser

Da kurset er et intenst sommerkursus vil kursusdagene veksle mellem introfase-elementer og elementer fra træningsfasen. Studiefasen vil ligge før og under kurset.