BMB535: Eksperimentel Proteomics - Karakterisering af cellulær signalering ved hjælp af kvantitativ proteomanalyse
Det Naturvidenskabelige Studienævn
Undervisningssprog: På dansk eller engelsk afhængigt af underviser, men engelsk ved internationale studerende
EKA: N200012112, N200012102
Censur: Intern prøve, en bedømmer
Bedømmelse: Bestået/Ikke bestået
Udbudssteder: Odense
Udbudsterminer: Sommerkursus (efterår)
Niveau: Bachelor
STADS ID (UVA): N200012101
ECTS-point: 5
Godkendelsesdato: 29-04-2019
Varighed: 1 semester
Version: Godkendt - aktiv
Kommentar
Kurset har deltagerbegrænsning og hvis der er flere tilmeldte end begrænsningen angiver, prioriteres de rettidigt tilmeldte efter dato for tilmelding.
Indgangskrav
Faglige forudsætninger
Studerende, der følger kurset, forventes at:
- Have kendskab til grundlæggende molekylærbiologiske begreber og biokemiske processer (indholdet af BMB533 og BMB508 forudsættes kendt)
- Kunne anvende diverse almindelige it-værktøjer, deriblandt excel
- Kurset forudsætter aktiv deltagelse, herunder mundtlig fremlæggelse udført af de studerende i grupper
- Der forventes kendskab til generel laboratoriesikkerhed.
Deltagerbegrænsning
Formål
Kurset har til formål at give den studerende en indsigt i planlægning, gennemførelse og evaluering af et molekylærbiologisk forsøg, hvor forskellige molekylærbiologiske teknikker bliver kombineret med proteomanalyse, fosfoproteomanalyse og bioinformatik (pathway-analyse). Under kurset vil de studerende undersøge fosforyleringsafhængige signaleringsveje i eukaryote celler (f.eks. stamceller eller humane neuroner) efter knock-down af essentielle gener (f.eks. kinaser) eller efter ekstracellulær stimulering (f.eks. differentiering).
Kurset bygger oven på den viden, der er erhvervet på studiets 2. år og kobler elementer fra diverse kurser sammen i en molekylærbiologisk problemstilling, der er undersøgt eksperimentelt og relateret til informationer ekstraheret fra relevant litteratur.
I forhold til uddannelsens kompetenceprofil har kurset eksplicit fokus på at:
- Selvstændigt kunne planlægge og gennemføre forsøg med de anvendte metoder
- Give præsentation og videregive viden opnået på kurset
- Kritisk evaluerer de resultater, der opnås med de metoder, der benyttes i kurset
- I kurset indgår laboratoriebaseret projektarbejde, som giver personlig kompetence i organisering af arbejdet.
- Laboratorieprojekterne vil udføres som gruppearbejde, så kompetencer i samspil styrkes.
Målbeskrivelse
For at opnå kursets formål er det læringsmålet for kurset, at den studerende demonstrerer evnen til at:
- Beskrive de grundlæggende principper bag tandem massespektrometri
- Forstå og fortolke data genereret ved tandem massespektrometri
- Beskrive forskellige metoder der anvendes til kvantitativ proteomics
- Forstå betydningen af post translationelle modifikationer for signalering i eukaryote celler
- Forstå principperne bag karakterisering af fosforylerede proteiner ved hjælp af tandem massespektrometri
- Forstå principperne bag arbejde med cellekulturer og knock-down af proteiner
- Redegøre for metoderne til validering af knock-down forsøg, inkl. Western Blotting, PCR og Selected/Parallel Reaction Monitoring (SRM/PRM)
- Benytte de i kurset anvendte bioinformatiske programmer
Indhold
Kurset indeholder følgende faglige hovedområder:
Teori:
- Introduktion til proteomics og tandem massespektrometri
- Introduktion til fosforylering og karakterisering af cellulær signalering
- Introduktion til protein knock-down teknikker samt validering af knock-down effektiviteten v.h.a. Western blotting, PCR eller SRM/PRM.
- Introduktion til neural differentiering.
Metoder/teknikker:
- Kvantitativ proteomics/fosfoproteomics (deriblandt oprensning og karakterisering af fosforylerede peptider)
- Tandem massespektrometri
- Bioinformatik (inkl. protein/peptid identifikation og kvantisering samt programmer til pathway-analyse)
- Western blotting
- SRM/PRM
- Celledyrkning
- RNAi knock-down
- (evt. andre metoder)
NB: Dette øvelseskursus udføres ifølge lovmæssige sikkerhedsanvisninger, men anvender eksperimentelle protokoller og kemikalier som er mistænkt for at være potentielt skadelige for gravide/ammende. Gravide/ammende studerende bør derfor kontakte kursusansvarlig i god tid før kursustilmelding eller så snart som muligt.
Litteratur
Eksamensbestemmelser
Forudsætningsprøve a)
Tidsmæssig placering
August
Udprøvninger
Aktiv deltagelse i øvelserne
EKA
N200012112
Censur
Intern prøve, en bedømmer
Bedømmelse
Bestået/Ikke bestået
Identifikation
Fulde navn og SDU brugernavn
Sprog
Følger, som udgangspunkt, undervisningssprog
Hjælpemidler
Oplyses på kurset
ECTS-point
0
Uddybende information
Forudsætningsprøven er en forudsætning for deltagelse i eksamenselement a)
Eksamenselement a)
Tidsmæssig placering
August
Forudsætninger
Type | Forudsætningsnavn | Forudsætningsfag |
---|---|---|
Delprøve | Forudsætningsprøve a) | N200012101, BMB535: Eksperimentel Proteomics - Karakterisering af cellulær signalering ved hjælp af kvantitativ proteomanalyse |
Udprøvninger
Tests på itslearning, fremlæggelse i grupper og laboratorieøvelser
EKA
N200012102
Censur
Intern prøve, en bedømmer
Bedømmelse
Bestået/Ikke bestået
Identifikation
Fulde navn og SDU brugernavn
Sprog
Følger, som udgangspunkt, undervisningssprog
Hjælpemidler
Oplyses på kurset
ECTS-point
5
Vejledende antal undervisningstimer
Undervisningsform
På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.
- Introfase: 15 timer
- Træningsfase: 55 timer, heraf: eksaminatorie: 15 timer og laboratorieøvelser: 40 timer
Aktiviteter i studiefasen:
- Læse kompendium
- Læse få artikler
- Se på videoer
- Selvstændig forberedelse til laboratorieøvelser
Da kurset er et intenst sommerkursus vil kursusdagene veksle mellem introfase-elementer og elementer fra træningsfasen. Studiefasen vil ligge før og under kurset.
Ansvarlig underviser
Navn | Institut | |
---|---|---|
Martin Røssel Larsen | mrl@bmb.sdu.dk | Biomedicinsk Massespektrometri og systembiologi |
Pia Jensen | pjensen@bmb.sdu.dk | Institut for Biokemi og Molekylær Biologi |