BMB210: Avancerede metoder i protein massespektrometri og proteomanalyse
Det Naturvidenskabelige Studienævn
Undervisningssprog: Engelsk
EKA: N220016102
Censur: Intern prøve, en bedømmer
Bedømmelse: Bestået/Ikke bestået
Udbudssteder: Odense
Udbudsterminer: Efterår
Niveau: Ph.d.
STADS ID (UVA): N220016101
ECTS-point: 5
Godkendelsesdato: 10-03-2023
Varighed: 1 semester
Version: Godkendt - aktiv
Kommentar
For tilmelding til dette kursus kontakt Pia Jensen pjensen@bmb.sdu.dk senest 30. maj.
Kurset har deltagerbegrænsning. Der lægges vægt på følgende kriterier i nedenstående rækkefølge ved tildelingen af pladser:
- Ph.d studerende efter tilmeldingstidspunkt
- Studerende, der har optjent flest ECTS på kandidatuddannelsen
- Studerende, der følger kandidatkurser samtidig med deres bacheloruddannelse (dispensation til 30 ECTS kandidatkurser) har herefter prioritet
Hvis der er pointmæssigt ligestillede blandt studerende i gruppe 1 til 3, trækkes der lod.Fagmiljøerne på Det Naturvidenskabelige Fakultet forestår prioriteringen, og der oprettes en venteliste. Studerende, der ikke optages på kurset, men kommer på venteliste, får besked fra fakultetet. Ventelisten overføres ikke til det efterfølgende år.
Det er væsentligt at møde op til første kursusdag eller underrette underviseren, da der er venteliste på kurset.
Indgangskrav
Bachelorgrad (biomedicin, molekylær biologi eller lignende).
Kurset kan ikke vælges hvis du har bestået, er tilmeldt eller har fulgt BMB205.
Kurset kan ikke vælges hvis du har bestået, er tilmeldt eller har fulgt BMB205.
Faglige forudsætninger
Det forventes at deltagerne har en kandidatgrad eller tilsvarende kvalifikationer. Kurset kan dog efter aftale følges af kandidat-studerende som har bestået B.sc. Bemærk at kurset er et PhD kursus og niveauet derfor er højt.
Deltagerbegrænsning
Formål
I dette kursus vil avancerede metoder til protein karakterisering og funktionel genomics/proteomics blive introduceret, illustreret, diskuteret og afprøvet. Der vil blive lagt særlig vægt på separationsteknikker og massespektrometriske metoder, forberedelse af proteinprøver og analyse af resultater. Målet er at de studerende vil blive i stand til at overføre de præsenterede metoder og strategier til deres egen forskning. Desuden stræbes efter at deltagerne tilegner sig en solid baggrundsviden indenfor feltet, som vil hjælpe dem til at forstå og udnytte litteraturen, både hvad angår etablerede såvel som nye metoder indenfor massespektrometri og funktionel proteomanalyse. Kurset giver også de studerende en unik mulighed for at udvide deres netværk indenfor det videnskabelige felt.
Da kurset er et Ph.d.-kursus, forventes de studerende at have en akademisk uddannelse fra et relevant videnskabeligt område. De forventes at have kendskab til de generelle termer indenfor molekylærbiologi og biokemi og være i stand til at bruge videnskabelige metoder til at konstruere og udføre eksperimentelle analyser.
Det forventes at de studerende tager aktiv del i undervisningen og der vil blive brug redskaber fra SDUs e-læringsplatform under kurset. De studerende forventes også at læse en række artikler foreslået af underviserne.
De studerende forventes at kende til general laboratoriesikkerhed og være i stand til at arbejde i grupper.
For at opnå kursets formål er det læringsmålet for kurset, at den studerende demonstrerer evne til at:
- Kunne vurdere selvstændigt, hvilke eksperimentelle metoder/strategier, der skal benyttes i forskellige eksperimentelle opsætninger.
- Drage konklusioner og reflektere baseret på fortolkning af data
- Skrive en videnskabelig artikel baseret på resultater opnået ved eksperimentelt arbejde.
- Beskrive teorien bag relevante metoder.
Målbeskrivelse
For at opnå kursets formål er det læringsmålet for kurset, at den studerende demonstrerer evnen til at:
- Forklare grundprincipperne i massespektrometri (MS), dvs. opbygning, virkemåde og hvilke data der kan forventes fra et massespektrometer.
- Redegøre for de gængse ioniseringsmetoder som anvendes indenfor proteinanalyse, dvs. MALDI og ESI og redegøre for forskellene mellem disse.
- Forstå de basale principper for og forskelle mellem forskellige typer masseanalysatorer.
- Redegøre for fragmentering af peptider vha. CID, ECD og ETD. Herunder nomenklaturen
- Analysere og fortolke peptid og protein spektre fra MS og tandem MS instrumenter. Herunder forstå principperne bag manuel fortolkning af peptidfragmentations spektre.
- Anvende bioinformatiske værktøjer til analyse af datasæt og kritisk evaluere opnåede resultater.
- Forstå og opstille eksperimentelle strategier som anvendes indenfor proteomeanalyse.
- Redegøre for principperne bag oprensning af specifikke post translationelle modifikationer (phosphorylering, glykosylering) og MS analyse af disse. Herunder forstå brugen af immoniumioner og neutrale tab.
- Redegøre for principperne for kvantitativ proteomanalyse strategier som stabil isotopmærkning og intensitets-profilering.
- Læse og forstå videnskabelige artikler om protein massespektrometri og proteomanalyse.
Indhold
- Principper bag massespektrometriske metoder til analyse af proteiner, peptider og post translationelle modifikationer. Herunder: matrix-assisted laser desorption/ionization, electrospray ionisering, masseanalysatorer og hybridinstrumenter.
- Metoder til prøveforberedelse forud for MS-analyse.
- Strategier til protein/peptid separation/oprensning forud for MS-analyse. Herunder elektroforetiske og kromatografiske teknikker.
- Strategier til analyse af post translationelle modifikationer, med phosphorylering og glycosylering som de vigtigste modifikationer i denne sammenhæng.
- Strategier til kvantitativ analyse af peptider/proteiner f.eks. i forbindelse med forskning i sygdomsmarkører.
- Computationel dataanalyse og søgninger mod databaser og anden relevant bioinformatisk analyse
Litteratur
Eksamensbestemmelser
Eksamenselement a)
Tidsmæssig placering
Efterår
Udprøvninger
Portfolio
EKA
N220016102
Censur
Intern prøve, en bedømmer
Bedømmelse
Bestået/Ikke bestået
Identifikation
Fulde navn og SDU brugernavn
Sprog
Følger, som udgangspunkt, undervisningssprog
Hjælpemidler
Oplyses på kurset
ECTS-point
5
Uddybende information
Portofolio eksamen bestående af:
- Deltagelse i laboratoriedelen af kurset
- E-tests i løbet af kurset, samt gruppefremlæggelse
Vejledende antal undervisningstimer
Undervisningsform
Aktiviteter i studiefasen:
- E-tests
- Artikellæsning (ca. 30 originalartikler)
Der udleveres en litteraturliste som indeholder 25-30 videnskabelige originalartikler og oversigtsartikler svarende til i alt ca. 200 sider med et forventet tidsforbrug på 25 timer. Artiklerne læses og drøftes i forbindelse med forelæsninger og laboratorieøvelser. Da kurset er et intenst og sammenhængende kursus, så vil kursusdagene veksle mellem introfase og træningsfase mens studiefasen vil ligge delvist før og efter kurset. E-tests vil blive brugt som studieaktivitet både før og under kurset og de studerende vil blive opfordret til at bruge blogs og discussionsboards til at facilitere deres læring og netværksdannelsen. Kurset evalueres ved E-test. Dette betyder at kurset får et omfang svarende til i alt 5 ECTS.
Ansvarlig underviser
Navn | Institut | |
---|---|---|
Martin Røssel Larsen | mrl@bmb.sdu.dk | Biomedicinsk Massespektrometri og systembiologi |
Yderligere undervisere
Skemaoplysninger
Administrationsenhed
Team hos Uddannelsesjura & Registratur
Udbudssteder
Anbefalede studieforløb
Overgangsordninger
Overgangsordninger beskriver, hvordan et kursus erstatter et andet kursus, når der ændres i et studieforløb.
Hvis der er lavet en overgangsordning for et kursus vil den fremgå af oversigten.
Se overgangsordninger for alle kurser på Det Naturvidenskabelige Fakultet.
Se overgangsordninger for alle kurser på Det Naturvidenskabelige Fakultet.