DM840: Algoritmer i kemoinformatik

Indgangskrav

Ingen

Faglige forudsætninger

Studerende, der følger kurset, forventes at kunne designe og implementere programmer, ved hjælp af standard algoritmiske tilgange og datastrukturer, samt at kunne vurdere kompleksitet af algoritmer, med hensyn til køretid såvel som med hensyn til pladsforbrug. Dette kan eksempelvis opnås i DM578.

Formål

Formålet med dette kursus er at sætte den studerende i stand til at løse en bred vifte af ikke-trivielle diskrete beregningsmæssige problemer inden for datalogi ved at anvende avancerede algoritmiske ideer, grafteoretiske tilgange, viden fra beslægtede områder af diskret matematik og kompleksitetsteori på problemer motiveret fra eller opstået i kemi. Kurset giver et videnskabeligt grundlag for at skrive et speciale, der har til formål at anvende kernedatalogiske tilgange til relevante spørgsmål i kemi, biologi, fysik eller matematik.

Målbeskrivelse

Efter kurset forventes det at den studerende har opnået følgende.

Viden om

forskellige niveauer for repræsentation af molekylestrukturer.
metoder til at analysere molekylers struktur.
regel-baseret modellering af kemiske systemer.
graf-algoritmer relateret til graf-transformation.
forskellige repræsentationer af kemiske systemer.
metoder til analyse af kemiske systemer.

Færdigheder i at

implementere algoritmer og datastrukturer fra kurset.

Kompetencer i at

forklare og anvende metoder, modeller og algoritmiske ideer fra kurset.
formulere metoder, modeller og algoritmer fra kurset i et præcist sprog.
beskrive implementeringer af algoritmer, datastrukturer og udført eksperimentielt arbejde på en struktureret måde, i et klart og præcist sprog.

Indhold

Kurset indeholder følgende overordnede emner:

repræsentation af molekylestrukturer
graf-transformation og kunstige kemier
delgraf-isomorfi, graf-isomorfi og graf-kanonisering
kombinatoriske strukturer
metabolske netværk og analyse af reaktionsveje
concurrency-teori
stokastiske processer

Litteratur

Se itslearning for pensumlister og yderligere litteraturhenvisninger.

Eksamensbestemmelser

Eksamenselement a)

Tidsmæssig placering

Januar og juni

Udprøvninger

Portfolio eksamen

EKA

N340003102

Censur

Ekstern prøve

Bedømmelse

7-trinsskala

Identifikation

Studiekort - Navn

Sprog

Følger, som udgangspunkt, undervisningssprog

Varighed

Mundtlig eksamen - 30 minutter, ingen forberedelse

Hjælpemidler

Det er tilladt at medbringe et stykke A4-papir med personlige noter. Noterne må være skrevet på begge sider af papiret. Der er ingen krav til noternes form (håndskrevne/maskinskrevne/tekststørrelse/billeder/figurer osv.).

ECTS-point

Uddybende information

Portfolio bestående af følgende elementer:
1) To opgaver afleveret undervejs i kurset

2) Afsluttende mundtlig prøve i eksamensperioden

For samlet at opnå en bestået karakter skal hhv. element 1 og 2 hver for sig leve op til målbeskrivelserne.

Bedømmelsen af element 1 finder sted i forbindelse med afviklingen af element 2.

Element 1 vægter 20% og element 2 vælger 80% af karakteren, idet der dog anlægges en helhedsvurdering.

Vejledende antal undervisningstimer

60 timer per semester

Undervisningsform

Skemalagte undervisningstimer:

Antal undervisningstimer i alt: 60

Heraf:

Fællestimer i klasselokale/auditorium: 60

Fællestimerne vil være en blanding af både mere klassiske forelæsninger, diskussioner og opgaveløsning.

Andre planlagte undervisningsaktiviteter:

Læse materialet til forelæsningerne, løse opgaver, og anvendelse af tilegnet viden og færdigheder i projekter.

Ansvarlig underviser

Navn	E-mail	Institut
Jakob Lykke Andersen	jlandersen@imada.sdu.dk	Institut for Matematik og Datalogi

Skemaoplysninger

Odense

Vis fuldt skema (start E25)
Vis fuldt skema (start F26)

Administrationsenhed

Institut for Matematik og Datalogi (datalogi)

Team hos Registratur

NAT

Udbudssteder

Odense

Anbefalede studieforløb

Profil	Uddannelse	Semester	Udbuds periode

Overgangsordninger

Overgangsordninger beskriver, hvordan et kursus erstatter et andet kursus, når der ændres i et studieforløb.

Hvis der er lavet en overgangsordning for et kursus vil den fremgå af oversigten.
Se overgangsordninger for alle kurser på Det Naturvidenskabelige Fakultet.