BMB533: Molekylær biologi og proteinkemi
Kommentar
01017001 (tidligere UVA) er identisk med denne kursusbeskrivelse.
Kurset samlæses med: BMB532, KE523, KE521
Indgangskrav
Faglige forudsætninger
- Have kendskab til fundamental kemi, biologi og fysik
- Kunne anvende en computer og internet
Formål
Kurset giver desuden et fundament, som er nødvendigt for de videregående kurser i molekylær biologi. Endvidere gives en grundig introduktion til proteiners struktur og funktioner samt en introduktion til, hvordan proteiner fungerer i interaktion med andre biomolekyler i cellulære og fysiologiske sammenhænge.
Kurset bygger oven på emnerne, der blev dækket i kurserne FF503 og BMB531, og giver et fagligt grundlag for at studere emnerne i kurserne BMB507 og BMB508, der er placeret senere i uddannelsen.
I forhold til uddannelsens kompetenceprofil har kurset eksplicit fokus på at:
- Give kompetence til at forstå problemstillinger og fagudtryk fra molekylærbiologiens og proteinkemiens centrale discipliner.
- Give færdigheder til at udtrykke sig med præcision i et fagligt sprog.
- Give viden om det genetiske informationsflow i alle celler, som er beskrevet af det centrale dogme.
- Give kompetence til at forstå og vurdere information om molekylær biologiske og proteinkemiske fænomener i medierne og i litteraturen.
Målbeskrivelse
- Kende betydning af de almindelige termer inden for genetik, molekylær biologi og proteinkemi
- Forklare det genetiske informationsflow fra gen til protein (det centrale dogme)
- Forklare sammenhænget mellem nukleinsyrers struktur og funktion i forbindelse med det centrale dogme.
- Beskrive de grundlæggende trin i replikation, transskription og translation.
- Skitsere opbygningen af enzymkomplekserne, der indgår i replikation, transskription og translation.
- Angive principperne i regulering af det genetiske informationsflow på DNA, RNA og proteinniveau.
- Beskrive eksempler på regulering af det genetiske informationsflow på DNA, RNA og proteinniveau.
- Beskrive de væsentligste forskelle i det genetiske informationsflow hos prokaryote og eukaryote organismer
- Skitsere mekanismerne i homolog og ikke-homolog rekombination.
- Angive de væsentligste årsager til mutationer og betydningen af disse på molekyle-, celle- og organismeniveau.
- Kende principperne i de almindelige teknikker inden for molekylær biologi og genteknologi.
- Relatere den kemiske struktur af de 20 aminosyrer og deres modifikationer til proteiners struktur og funktion.
- Klassificere primære, sekundære, tertiære og kvarternære struktur niveauer af proteiner.
- Anvende programmet VMD til visualisering af proteiners tertiære struktur og anvende dette redskab til besvarelse af strukturelle problemstillinger.
- Anvende programmet Cytoscape til visualisering af protein-protein interaktionsdata.
- Beskrive proteiners foldning, misfoldning og nedbrydning i cellen og forstå hvordan fejl i disse systemer kan give anledning til konformationelle sygdomme.
- Have kendskab til moderne proteinkemiske metoder til oprensning, karakterisering og bioinformatiske analyse af proteiner.
- Beskrive hvordan proteiner fungerer i interaktion med andre biomolekyler i cellulære og fysiologiske sammenhænge – herunder en forståelse af proteiners funktion i immunsystemet, ved blodkoagulation, samt i det sensoriske og motoriske system.
- Foretage selvstændig søgning af litteratur og perspektivere problemstillinger indenfor et udvalgt proteinkemisk emne ved anvendelse af molekylærbiologiske tankegange, ræsonnementer og fagudtryk.
Indhold
- Proteinstruktur og – foldning og funktion
- Proteiners funktion i fysiologiske sammenhænge
- Posttranslationel modifikation af proteiner
- Proteinnedbrydning
- Metoder i proteinkemi
- Genomorganisering i pro- og eukaryoter
- Informationsflow fra gen til protein
- Struktur og funktion af nukleinsyrer (DNA og RNA)
- Replikation af DNA, herunder regulering af DNA syntese
- Rekombinationsmekanismer
- Mutationer og reparation af DNA
- Transpositionsmekanismer
- Syntese af RNA ved DNA transkription
- Regulering af genekspression
- RNA processing og mRNA splejsning
- Ribosomets opbygning og funktion i proteinsyntese
- Proteinlokalisering og eksport
- Proteiner involveret i kontrol af cellecyklus
- Antibiotika og cytotoxiner
- Fundamentale molekylærbiologiske metoder, herunder PCR, DNA sekventering, genkloning m.fl.
Litteratur
- Berg, Tymoczko og Stryer: Biochemistry, 8. udgave.
- Ekstra materiale vil blive udvalgt fra år til år.
Se BlackBoard for pensumlister og yderligere litteraturhenvisninger.
Eksamensbestemmelser
Forudsætningsprøve a)
Tidsmæssig placering
Udprøvninger
Deltagelse i computerlaboratorieøvelser
EKA
Censur
Bedømmelse
Identifikation
Sprog
Hjælpemidler
ECTS-point
Uddybende information
Mødepligt til computerlaboratorieøvelser. Studerende skal møde forberedt (dvs. skal have læst og forstået manualen på forhånd). Aflevering af fire skriftlige rapporter. Studerende skal afholde afleveringsfriste (én uge) og skal bestå alle fire rapporter.
Forudsætningsprøven er en forudsætning for deltagelse i eksamenselement a)
Eksamenselement a)
Tidsmæssig placering
Forudsætninger
Type | Forudsætningsnavn | Forudsætningsfag |
---|---|---|
Delprøve | Forudsætningsprøve a) | N200010101, BMB533: Molekylær biologi og proteinkemi |
Udprøvninger
Skriftlig eksamen (4 timer)
EKA
Censur
Bedømmelse
Identifikation
Sprog
Hjælpemidler
ECTS-point
Uddybende information
Vejledende antal undervisningstimer
Undervisningsform
- Eksaminatorie: 30 timer
- Laboratorieøvelser: 8 timer
- at studie lærebogen, gennemgå slides fra forelæsningerne
- forsæt ved at skrive og læse notaterne, regne opgaver.
Ansvarlig underviser
Yderligere undervisere
Navn | Institut | By | |
---|---|---|---|
Karin Hjernø | hjernoe@bmb.sdu.dk | ||
Lars Grøntved | larsgr@bmb.sdu.dk | ||
Thomas J. D. Jørgensen | tjdj@bmb.sdu.dk |