BMB511: Bioinformatik I

Det Naturvidenskabelige Studienævn

Undervisningssprog: På dansk eller engelsk afhængigt af underviser, men engelsk ved internationale studerende
EKA: N200005112, N200005102
Censur: Intern prøve, en bedømmer, Intern prøve, to eller flere bedømmere
Bedømmelse: Bestået/Ikke bestået, 7-trinsskala
Udbudssteder: Odense
Udbudsterminer: Efterår
Niveau: Bachelor

STADS ID (UVA): N200005101
ECTS-point: 5

Godkendelsesdato: 31-03-2022


Varighed: 1 semester

Version: Godkendt - aktiv

Indgangskrav

Ingen

Faglige forudsætninger

Studerende, der følger kurset, forventes at

  • Have kendskab til grundlæggende molekylærbiologiske begreber og biokemiske processer. Herunder det centrale dogme, nukleinsyre- og protein struktur.
  • Have et basalt kendskab til proteinkemi (BMB533 eller lignende forudsættes kendt)
  • Kunne anvende internet og standard computerprogrammer

Formål

At give den studerende en indsigt i anvendelse af bioinformatik og biologisk data science, samt betydningen af og baggrunden for biologiske databaser og programmer i biologi og biomedicin. Den studerende får gennem praktiske øvelser kendskab til bioinformatikken og de bagvedliggende biologiske fænomener og lærer at forholde sig til analyserne og resultaterne.

Kurset vil tage de studerende bag softwaren for at se, hvordan forskere bruger deres viden om biologi for at konstruere bioinformatiske værktøjer. Desuden trænes de studerende i at analysere eksperimentelle data, såvel kvalitativt som kvantitativt. Ydermere trænes den studerende i at vurdere og kommentere medstuderendes besvarelser og i at formulere tekst om bioinformatiske begreber. I kurset vil der blive diskuteret og reflekteret over, hvilke teoretiske og praktisk etiske problemstillinger, der ligger i faget samt fagets samfundsmæssige funktion.
Studerende, der følger kurset, forventes at have kendskab til grundlæggende molekylærbiologiske begreber og biokemiske processer. Herunder det centrale dogme, nukleinsyre- og protein struktur.
Kurset forudsætter aktiv deltagelse. Kurset gør brug af funktioner i SDU’s e-læringssystem herunder self- og peer assessments. Deltagelse i kurset forudsætter derfor, at den studerende behersker disse funktioner og accepterer de udstukne deadlines.

I forhold til uddannelsens kompetenceprofil har kurset eksplicit fokus på at bidrage til følgende kompetencer:

  • viden om teori og eksperimentelle metoder inden for de biokemiske og molekylær biologiske fagområder
  • viden om den videnskabelige terminologi, der anvendes inden for de biokemiske, molekylærbiologiske og biomedicinske fagområder
  • viden om betydningen af biologiske databaser i moderne biomedicin og molekylær biologi
  • at kunne forstå hvorledes naturvidenskabelig viden opnås ved et samspil mellem teori og eksperiment
  • at kunne tilegne sig ny viden på en effektiv og selvstændig måde og kunne anvende denne viden reflekterende
  • at kunne forstå at tilgangen til fagets centrale emner og metoder er uafhængig af nationale grænser
  • anvende en eller flere biokemiske og molekylærbiologiske teorier og metoder
  • undersøge konkrete biokemiske og molekylærbiologiske fænomener teoretisk og/eller eksperimentelt
  • anvende bioinformatik i praksis

Målbeskrivelse

Når kurset er færdigt, forventes den studerende at:

  • Kende til de vigtigste dataformater og koncepter indenfor behandling af DNA, RNA, og protein data.
  • Kunne finde, ekstrahere og udnytte den information, der ligger i de vigtigste biologiske databaser (f.eks. UniProt.org) og forstå deres opbygning og vigtigste karakteristika.
  • Kende til og anvende bioinformatiske redskaber til at karakterisere og sammenligne nukleinsyre sekvenser.
  • Kende til og anvende bioinformatiske teknikker til at undersøge og sammenligne proteiners sekvens, struktur og funktion.
  • Forstå de vigtigste koncepter til at analysere og visualisere kvantitativ data fra -omics eksperimenter, herunder transcriptomics og proteomics.
  • Forstå principperne bag gen-ontologi og dens anvendelse på molekylære netværk.
  • Kende til koncepterne bag systembiologi.
  • Forstå vigtigheden af open source kode og open data politikker og dertilhørende etiske overvejelser.
  • Analysere digitale billeder dannet gennem optisk mikroskopi af biologiske prøver og kunne trække information om cellulære processer ud af billederne

Indhold

Kurset indeholder følgende faglige hovedområder:
  • Bioinformatiske data og databaser
  • Kvalitativ analyse af biomolekyler
  • Kvantitativ analyse af biomolekyler
  • Bioinformatisk billedanalyse
  • Åben data og etik i bioinformatik

Litteratur

  • Præsentationer fra forelæsninger.
  • Udleverede noter, artikler og opgaver.

Studiematerialet vil blive gjort tilgængeligt via itslearning.

Eksamensbestemmelser

Forudsætningsprøve a)

Tidsmæssig placering

Efterår

Udprøvninger

Godkendelse af øvelsesopgavebesvarelser, der bedømmes samlet

EKA

N200005112

Censur

Intern prøve, en bedømmer

Bedømmelse

Bestået/Ikke bestået

Identifikation

Fulde navn og SDU brugernavn

Sprog

Følger, som udgangspunkt, undervisningssprog

Hjælpemidler

Oplyses på kurset

ECTS-point

0

Uddybende information

Forudsætningsprøven er en forudsætning for deltagelse i eksamenselement a)

Eksamenselement a)

Tidsmæssig placering

Januar

Forudsætninger

Type Forudsætningsnavn Forudsætningsfag
Delprøve Forudsætningsprøve a) N200005101, BMB511: Bioinformatik I

Udprøvninger

Skriftlig eksamen

EKA

N200005102

Censur

Intern prøve, to eller flere bedømmere

Bedømmelse

7-trinsskala

Identifikation

Studiekort

Sprog

Følger, som udgangspunkt, undervisningssprog

Varighed

3 timer

Hjælpemidler

Tilladt, nærmere beskrivelse af eksamensreglerne vil blive offentliggjort i itslearning.

ECTS-point

5

Vejledende antal undervisningstimer

42 timer per semester

Undervisningsform

På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.
  • Introfase: 20 timer
  • Træningsfase: 22 timer, heraf: Laboratorieøvelser: 22 timer

Aktiviteter i studiefasen:

  • Peer assessments
  • Assignment
  • Artikler
Introfasen består af forelæsninger, som introducerer kursets emner og supplerer indholdet i de relevante tekster med yderligere viden og perspektivering. Dvs. forelæsningerne indeholder læring, der ikke nødvendigvis kan genfindes i teksterne, men som kan findes i forelæsningsslides/noter.

I træningsfasen arbejdes selvstændigt, primært med brug af forskellige fagrelevante redskaber suppleret med teoretiske spørgsmål og øvelser i at beskrive, evaluere og forklare de opnåede resultater. De studerende har i træningsfasen adgang til dialog med instruktor og/eller underviser samt med medstuderende. De trænes i de i kursusbeskrivelsen beskrevne målbeskrivelser. Træningsfasen indeholder bl.a. peer assessments, som afleveres og evalueres løbende under kursus. Disse indgår i forudsætningsprøven.

I studiefasen forventes de studerende at arbejde med selvstudium af udvalgte artikler og diverse opgaver. 

Forelæsningerne (introfasen), teksterne (del af studiefasen) og øvelserne i træningsfasen er tænkt som et supplement til hinanden.

På kursets side i SDU's e-læringssystem findes der nærmere information om afleveringsfrist for forudsætningsprøvens delelementer og evt. genafleveringsmuligheder. Alle elementer skal afleveres, dvs. inklusiv peer reviews.

Ansvarlig underviser

Navn E-mail Institut
Jesper Grud Skat Madsen jgsm@bmb.sdu.dk Institut for Biokemi og Molekylær Biologi, ATLAS - Center for Functional Genomics and Tissue Plasticity

Yderligere undervisere

Navn E-mail Institut By
Daniel Wüstner wuestner@bmb.sdu.dk Institut for Biokemi og Molekylær Biologi
Ole Nørregaard Jensen jenseno@bmb.sdu.dk Institut for Biokemi og Molekylær Biologi
Veit Schwämmle veits@bmb.sdu.dk Institut for Biokemi og Molekylær Biologi

Skemaoplysninger

36
Monday
05-09-2022
Tuesday
06-09-2022
Wednesday
07-09-2022
Thursday
08-09-2022
Friday
09-09-2022
08 - 09
Class h2e
Øvelser
09 - 10
Class h2e
Øvelser
10 - 11
Class f
Forelæsning
Class h3e
Øvelser
11 - 12
Class f
Forelæsning
Class h3e
Øvelser
12 - 13
13 - 14
14 - 15
Class h1e
Øvelser
Class h4e
Øvelser
15 - 16
Class h1e
Øvelser
Class h4e
Øvelser
Vis fuldt skema

Administrationsenhed

Biokemi og Molekylær Biologi

Team hos Uddannelsesjura & Registratur

NAT

Anbefalede studieforløb

Profil Program Semester Periode
BA Centralt fag kemi et-faglig med specialisering i Medicinalkemi - optag 1. september 2021 Bachelor i kemi | Odense 5 E22
BA Centralt fag kemi et-faglig med specialisering i Medicinalkemi - optag 1. september 2022 Bachelor i kemi | Odense 5 E22
BA centralfag i biomedicin et-faglig - optag 1. september 2019 Bachelor i biomedicin | Odense 5 E22
BA centralfag i biomedicin et-faglig - optag 1. september 2020 og 2021 Bachelor i biomedicin | Odense 5 E22
BA centralfag i biomedicin et-faglig - optag 1. september 2022 Bachelor i biomedicin | Odense 5 E22
BA centralt fag i Biokemi og molekylær biologi et-faglig - optag 1. september 2019 Bachelor i biokemi og molekylærbiologi | Odense 5 E22
BA centralt fag i Biokemi og molekylær biologi et-faglig - optag 1. september 2020 og 2021 Bachelor i biokemi og molekylærbiologi | Odense 5 E22
BA centralt fag i Biokemi og molekylær biologi et-faglig - optag 1. september 2022 Bachelor i biokemi og molekylærbiologi | Odense 5 E22
BA centralt fag i Biokemi og molekylær biologi med særligt tilvalg i kemi på 40 ECTS - optag 1. september 2019 Bachelor i biokemi og molekylærbiologi | Odense 5 E22
BA centralt fag i Biokemi og molekylær biologi med særligt tilvalg i kemi på 40 ECTS - optag 1. september 2020 Bachelor i biokemi og molekylærbiologi | Odense 5 E22
BA centralt fag i Biokemi og molekylær biologi med særligt tilvalg i kemi på 40 ECTS - optag 1. september 2021 Bachelor i biokemi og molekylærbiologi | Odense 5 E22
Ikke længere gældende pr 31.august 2020 - BA centralt fag i Biokemi og molekylær biologi med særligt tilvalg i kemi på 40 ECTS - optag 1. september 2019 Bachelor i biokemi og molekylærbiologi | Odense 5 E22

Overgangsordninger

Overgangsordninger beskriver, hvordan et kursus erstatter et andet kursus, når der ændres i et studieforløb.
Hvis der er lavet en overgangsordning for et kursus vil den fremgå af oversigten.
Se overgangsordninger for alle kurser på Det Naturvidenskabelige Fakultet.