BMB511: Introduktion til Computational Biology

• Have kendskab til grundlæggende molekylærbiologiske begreber og biokemiske processer. Herunder det centrale dogme, nukleinsyre- og protein struktur.
• Have et basalt kendskab til proteinkemi (BMB533 eller lignende forudsættes kendt)
• Kunne anvende internet og standard computerprogrammer, herunder have en basal forståelse for R.

I forhold til uddannelsens kompetenceprofil har kurset eksplicit fokus på at bidrage til følgende kompetencer:

• viden om teori og eksperimentelle metoder inden for de biokemiske og molekylær biologiske fagområder
• viden om den videnskabelige terminologi, der anvendes inden for de biokemiske, molekylærbiologiske og biomedicinske fagområder
• viden om betydningen af biologiske databaser i moderne biomedicin og molekylær biologi
• at kunne forstå hvorledes naturvidenskabelig viden opnås ved et samspil mellem teori og eksperiment
• at kunne tilegne sig ny viden på en effektiv og selvstændig måde og kunne anvende denne viden reflekterende
• at kunne forstå at tilgangen til fagets centrale emner og metoder er uafhængig af nationale grænser
• anvende en eller flere biokemiske og molekylærbiologiske teorier og metoder
• undersøge konkrete biokemiske og molekylærbiologiske fænomener teoretisk og/eller eksperimentelt
• anvende bioinformatik i praksis

• Kende til de vigtigste dataformater og koncepter indenfor behandling af DNA, RNA, og protein data.
• Kunne finde, ekstrahere og udnytte den information, der ligger i de vigtigste biologiske databaser (f.eks. UniProt.org) og forstå deres opbygning og vigtigste karakteristika.
• Kende til og anvende bioinformatiske redskaber til at karakterisere og sammenligne nukleinsyre sekvenser.
• Kende til og anvende bioinformatiske teknikker til at undersøge og sammenligne proteiners sekvens, struktur og funktion.
• Forstå de vigtigste koncepter til at analysere og visualisere kvantitativ data fra -omics eksperimenter, herunder transcriptomics og proteomics.
• Forstå principperne bag gen-ontologi og dens anvendelse på molekylære netværk.
• Kende til koncepterne bag systembiologi.
• Forstå vigtigheden af open source kode og open data politikker og dertilhørende etiske overvejelser.
• Analysere digitale billeder dannet gennem optisk mikroskopi af biologiske prøver og kunne trække information om cellulære processer ud af billederne

• Bioinformatiske data og databaser
• Kvalitativ analyse af biomolekyler
• Kvantitativ analyse af biomolekyler
• Bioinformatisk billedanalyse
• Åben data og etik i bioinformatik

• Præsentationer fra forelæsninger.
• Udleverede noter, artikler, videoer og opgaver.

Studiematerialet vil blive gjort tilgængeligt via SDU’s e-læringssystem.

• Introfase: 20 timer
• Træningsfase: 22 timer, heraf: Laboratorieøvelser: 22 timer

Aktiviteter i studiefasen:

• Opgaver
• Artikler