BMB511: Introduktion til Computational Biology

Det Naturvidenskabelige Studienævn

Undervisningssprog: På dansk eller engelsk afhængigt af underviser, men engelsk ved internationale studerende
EKA: N200048102
Censur: Intern prøve, to eller flere bedømmere
Bedømmelse: Bestået/Ikke bestået
Udbudssteder: Odense
Udbudsterminer: Efterår
Niveau: Bachelor

STADS ID (UVA): N200048101
ECTS-point: 5

Godkendelsesdato: 11-03-2025


Varighed: 1 semester

Version: Godkendt - aktiv

Indgangskrav

Ingen

Faglige forudsætninger

Studerende, der følger kurset, forventes at
  • Have kendskab til grundlæggende molekylærbiologiske begreber og biokemiske processer. Herunder det centrale dogme, nukleinsyre- og protein struktur.
  • Have et basalt kendskab til proteinkemi (BMB533 eller lignende forudsættes kendt)
  • Kunne anvende internet og standard computerprogrammer, herunder have en basal forståelse for R.

Formål

At give den studerende en indsigt i anvendelse af computational biologi, bioinformatik og biologisk data science, samt betydningen af og baggrunden for biologiske databaser og programmer i biologi og biomedicin. Den studerende får gennem praktiske øvelser kendskab til computational biologi og de bagvedliggende biologiske fænomener og lærer at forholde sig til analyserne og resultaterne.

Kurset vil tage de studerende bag softwaren for at se, hvordan forskere bruger deres viden om biologi for at konstruere bioinformatiske værktøjer der kan bruges i moderne computational biologi. Desuden trænes de studerende i at bruge sådanne værktøjer til at analysere og fortolke eksperimentelle data (både kvalitativt og kvantitativt), samt i at forholde sig kritisk til hvilke begrænsninger disse værktøjer har. I kurset vil der også blive diskuteret og reflekteret over, hvilke teoretiske og praktisk etiske problemstillinger, der ligger i faget samt fagets samfundsmæssige funktion.

Kurset forudsætter aktiv deltagelse. Kurset gør brug af funktioner i SDU’s e-læringssystem og deltagelse i kurset forudsætter derfor, at den studerende behersker disse funktioner og accepterer de udstukne deadlines.

Målbeskrivelse

Når kurset er færdigt, forventes den studerende at:

  • Kende til de vigtigste dataformater og koncepter indenfor behandling af DNA, RNA, og protein data.
  • Kunne finde, ekstrahere og udnytte den information, der ligger i de vigtigste biologiske databaser (f.eks. UniProt.org) og forstå deres opbygning og vigtigste karakteristika.
  • Kende til og anvende bioinformatiske redskaber til at karakterisere og sammenligne nukleinsyre sekvenser.
  • Kende til og anvende bioinformatiske teknikker til at undersøge og sammenligne proteiners sekvens, struktur og funktion.
  • Forstå de vigtigste koncepter til at analysere og visualisere kvantitativ data fra -omics eksperimenter, herunder transcriptomics og proteomics.
  • Forstå principperne bag gen-ontologi og dens anvendelse på molekylære netværk.
  • Kende til koncepterne bag systembiologi.
  • Forstå vigtigheden af open source kode og open data politikker og dertilhørende etiske overvejelser.
  • Analysere digitale billeder dannet gennem optisk mikroskopi af biologiske prøver og kunne trække information om cellulære processer ud af billederne

Indhold

Kurset indeholder følgende faglige hovedområder:
  • Bioinformatiske data og databaser
  • Kvalitativ analyse af biomolekyler
  • Kvantitativ analyse af biomolekyler
  • Bioinformatisk billedanalyse
  • Åben data og etik i bioinformatik

Litteratur

  • Præsentationer fra forelæsninger.
  • Udleverede noter, artikler, videoer og opgaver.

Studiematerialet vil blive gjort tilgængeligt via SDU’s e-læringssystem.

Eksamensbestemmelser

Eksamenselement a)

Tidsmæssig placering

Efterår

Udprøvninger

Obligatorisk opgave

EKA

N200048102

Censur

Intern prøve, to eller flere bedømmere

Bedømmelse

Bestået/Ikke bestået

Identifikation

Fulde navn og SDU brugernavn

Sprog

Følger, som udgangspunkt, undervisningssprog

Hjælpemidler

Alle almindelige hjælpemidler er tilladte 

ECTS-point

5

Uddybende information

Reeksamen ændres til en mundtlig eksamen, hvis der er 9 eller færre studerende tilmeldte. Den mundtlige eksamen er uden hjælpemidler og forberedelsestid. Varighed 20 min. inkl. votering. Den studerende trækker et emne, og går derefter direkte i gang med at fortælle det de ved om emnet. Spørgsmålene til den studerende vil tage udgangspunkt i dette emne, men vil kun være afgrænset af pensum.

Vejledende antal undervisningstimer

42 timer per semester

Undervisningsform

Skemalagte undervisningstimer: 
Antal undervisningstimer i alt: 42

Heraf: 
Fællestimer i klasselokale/auditorium: 20
Holdtimer i laboratorium: 22
 
Fællestimer består af forelæsninger, som introducerer kursets emner og supplerer indholdet i de relevante tekster med yderligere viden og perspektivering. Dvs. forelæsningerne indeholder læring, der ikke nødvendigvis kan genfindes i teksterne og videoer, men som kan findes i forelæsningsslides/noter.

Under holdtimer arbejdes selvstændigt, primært med brug af forskellige fagrelevante redskaber suppleret med teoretiske spørgsmål og øvelser i at beskrive, evaluere og forklare de opnåede resultater. De studerende har under holdtimer adgang til dialog med instruktor og/eller underviser samt med medstuderende. De trænes i de i kursusbeskrivelsen beskrevne målbeskrivelser. 

På kursets side i SDU's e-læringssystem findes der nærmere information om afleveringsfrist for forudsætningsprøvens delelementer og evt. genafleveringsmuligheder.

Andre planlagte undervisningsaktiviteter: 
Det forventes de studerende at arbejde med selvstudium af udvalgte artikler og diverse opgaver. 

Ansvarlig underviser

Navn E-mail Institut
Jesper Grud Skat Madsen jgsm@bmb.sdu.dk Institut for Biokemi og Molekylær Biologi

Yderligere undervisere

Navn E-mail Institut By
Daniel Wüstner wuestner@bmb.sdu.dk Institut for Biokemi og Molekylær Biologi
Ole Nørregaard Jensen jenseno@bmb.sdu.dk Institut for Biokemi og Molekylær Biologi
Thøger Jensen Krogh thjk@bmb.sdu.dk Administration og Service
Veit Schwämmle veits@bmb.sdu.dk Institut for Biokemi og Molekylær Biologi

Skemaoplysninger

Administrationsenhed

Biokemi og Molekylær Biologi

Team hos Registratur

NAT

Udbudssteder

Odense

Anbefalede studieforløb

Profil Uddannelse Semester Udbuds periode

Overgangsordninger

Overgangsordninger beskriver, hvordan et kursus erstatter et andet kursus, når der ændres i et studieforløb.
Hvis der er lavet en overgangsordning for et kursus vil den fremgå af oversigten.
Se overgangsordninger for alle kurser på Det Naturvidenskabelige Fakultet.