BMB209: Workshops i anvendt bioinformatik

Det Naturvidenskabelige Studienævn

Undervisningssprog: Engelsk
EKA: N220007112, N220007102
Censur: Intern prøve, en bedømmer
Bedømmelse: Bestået/Ikke bestået
Udbudssteder: Odense
Udbudsterminer: Efterår, Forår
Niveau: Ph.d.

STADS ID (UVA): N220007101
ECTS-point: 2.5

Godkendelsesdato: 29-04-2019


Varighed: 1 semester

Version: Godkendt - aktiv

Kommentar

Ingen


Indgangskrav

Bestået bachelorgrad på en naturvidenskabelig uddannelse eller lignende.

Faglige forudsætninger

Studerende, der følger kurset, forventes at

  • Have kendskab til basal statistik og dataanalyse.
  • Forstå grundlæggende begreber inden for molekylær biologi.

Formål

På trods af et stort antal moderne programmer og værktøjer til at analysere og simulere biologiske data (bio.tools har registreret mere end 10.000), er manglende kendskab og praktisk erfaring begrænsende faktorer for udnyttelsen af disse, og som et resultat er det kun de mest populære og brugervenlige værktøjer der anvendes.

Denne serie af workshops har som mål at forbedre deltagernes kendskab til et udvalg af aktuelle og effektive analysemetoder gennem praktisk erfaring med programmer under vejledning af eksperter fra de respektive områder, inklusiv ‘omics’ dataanalyse, statistik, billedanalyse og simulering af biologiske systemer. De studerende vil lære hvordan man opretter og anvende software workflows til analyse af data med støj og opnå viden om hvordan man visuelt og konceptuelt beskriver de underliggende komplekse biologiske processer.

Rækken af workshop sigter mod at bibringe indsigt i moderne bioinformatik til studerende og interesserede forskere ved Institut for Biokemi og Molekylær Biologi, såvel som andre interessenter.

Undervisningsmaterialet vil ikke blot forbedre kendskabet til ukendt eller ny software, algoritmer og metoder, men også sænke den ofte stejle indlæringskurve der kan være ved ibrugtagningen af disse metoder.

Anerkendte og ofte internationale eksperter vil som oplægsholdere på workshops yderligere tilskynde og stimulere bedste praksis inden for bioinformatik.

Målbeskrivelse

For at opnå kursets formål er det læringsmålet for kurset, at den studerende demonstrerer evne til at:            

  • Selvstændigt reproducere givne bioinformatisk analyseeksempler.
  • Arbejde med komplekse data.
  • Anvende sofistikeret software til analyse og datahåndtering
  • Beskrive og skelne mellem forskellige analytiske metoder inden for bioinformatik.
  • Objektivt kunne diskutere anvendte dataanalysemetoder præsenteret i f.eks. publikationer.
  • Benytte online bioinformatiske ressourcer.

Indhold

Kurset indeholder følgende faglige hovedområder: 

  • Introduktion til software ressourcer inden for bioinformatik.
  • Populære bioinformatiske dataanalysemetoder.
  • Anvendelse af udvalgt software til analyse og håndtering af data.
  • Præsentation af aktuelle udfordringer inden for bioinformatik af inviterede eksperter.

Litteratur

Se BlackBoard for pensumlister og yderligere litteraturhenvisninger.

Eksamensbestemmelser

Forudsætningsprøve a)

Tidsmæssig placering

I løbet af kurset.

Udprøvninger

Deltagelse i workshops

EKA

N220007112

Censur

Intern prøve, en bedømmer

Bedømmelse

Bestået/Ikke bestået

Identifikation

Fulde navn og SDU brugernavn

Sprog

Følger, som udgangspunkt, undervisningssprog

Hjælpemidler

Oplyses på kurset

ECTS-point

0

Uddybende information

 Forudsætningsprøven er en forudsætning for deltagelse i eksamenselement a)

Eksamenselement a)

Tidsmæssig placering

Efterår / forår

Forudsætninger

Type Forudsætningsnavn Forudsætningsfag
Delprøve Forudsætningsprøve a) N220007101, BMB209: Workshops i anvendt bioinformatik

Udprøvninger

Individuel rapport

EKA

N220007102

Censur

Intern prøve, en bedømmer

Bedømmelse

Bestået/Ikke bestået

Identifikation

Fulde navn og SDU brugernavn

Sprog

Følger, som udgangspunkt, undervisningssprog

Hjælpemidler

Oplyses på kurset

ECTS-point

2.5

Uddybende information

Eksamensformen ved reeksamen kan være en anden end eksamensformen ved den ordinære eksamen.

Vejledende antal undervisningstimer

14 timer per semester

Undervisningsform

På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.

Introfase: 8 timer

Træningsfase: 6 timer, heraf:

  • Eksaminatorie: 6 timer

Aktiviteter i studiefasen 

I den individuelle rapport for den studerende til opgave at reproducere en given bioinformatisk analyse, eller workflow. Detaljerne vedrørende den individuelle opgave diskuteres i løbet af serien af workshops. Rapport bør fylde mindst 5 sider og maksimum 10, eksklusiv referencer. Den skal indeholde følgende: a) Introduktion og beskrivelse af opgaven; b) Oversigt over den studerendes valgte arbejdsgang til løsning af opgaven; c) Evaluering af resultater og konklusion.

Ansvarlig underviser

Navn E-mail Institut
Veit Schwämmle veits@bmb.sdu.dk Institut for Biokemi og Molekylær Biologi

Skemaoplysninger

49
Monday
30-11-2020
Tuesday
01-12-2020
Wednesday
02-12-2020
Thursday
03-12-2020
Friday
04-12-2020
08 - 09
09 - 10
10 - 11
11 - 12
12 - 13
13 - 14
14 - 15
15 - 16
Vis fuldt skema

Administrationsenhed

Biokemi og Molekylær Biologi

Team hos Registrering & Legalitet

NAT

Anbefalede studieforløb

Profil Program Semester Periode