BMB205: Avancerede metoder i protein massespektrometri og proteomanalyse
Kommentar
01012301 (tidligere UVA) er identisk med denne kursusbeskrivelse.
For tilmelding til dette kursus kontakt Pia Jensen pjensen@bmb.sdu.dk senest 30. maj.
Kurset har deltagerbegrænsning. Der lægges vægt på følgende kriterier i nedenstående rækkefølge ved tildelingen af pladser:
- Ph.d studerende efter tilmeldingstidspunkt
- Studerende, der har optjent flest ECTS på kandidatuddannelsen
- Studerende, der følger kandidatkurser samtidig med deres bacheloruddannelse (dispensation til 30 ECTS kandidatkurser) har herefter prioritet
Hvis der er pointmæssigt ligestillede blandt studerende i gruppe 1 til 3, trækkes der lod.
Fagmiljøerne på Det Naturvidenskabelige Fakultet forestår prioriteringen, og der oprettes en venteliste. Studerende, der ikke optages på kurset, men kommer på venteliste, får besked fra fakultetet. Ventelisten overføres ikke til det efterfølgende år.
Det er væsentligt at møde op til første kursusdag eller underrette underviseren, da der er venteliste på kurset.
Indgangskrav
Faglige forudsætninger
Det forventes at deltagerne har en kandidatgrad eller tilsvarende kvalifikationer. Kurset kan dog efter aftale følges af kandidat-studerende som har bestået B.sc. Bemærk at kurset er et PhD kursus og niveauet derfor er højt.
Deltagerbegrænsning
Formål
Da kurset er et Ph.d.-kursus, forventes de studerende at have en akademisk uddannelse fra et relevant videnskabeligt område. De forventes at have kendskab til de generelle termer indenfor molekylærbiologi og biokemi og være i stand til at bruge videnskabelige metoder til at konstruere og udføre eksperimentelle analyser.
Det forventes at de studerende tager aktiv del i undervisningen og der vil blive brug redskaber fra SDUs e-læringsplatform under kurset. De studerende forventes også at læse en række artikler foreslået af underviserne.
De studerende forventes at kende til general laboratoriesikkerhed og være i stand til at arbejde i grupper.
For at opnå kursets formål er det læringsmålet for kurset, at den studerende demonstrerer evne til at:
- Kunne vurdere selvstændigt, hvilke eksperimentelle metoder/strategier, der skal benyttes i forskellige eksperimentelle opsætninger.
- Drage konklusioner og reflektere baseret på fortolkning af data
- Skrive en videnskabelig artikel baseret på resultater opnået ved eksperimentelt arbejde.
- Beskrive teorien bag relevante metoder.
Målbeskrivelse
- Forklare grundprincipperne i massespektrometri (MS), dvs. opbygning, virkemåde og hvilke data der kan forventes fra et massespektrometer.
- Redegøre for de gængse ioniseringsmetoder som anvendes indenfor proteinanalyse, dvs. MALDI og ESI og redegøre for forskellene mellem disse.
- Forstå de basale principper for og forskelle mellem forskellige typer masseanalysatorer.
- Redegøre for fragmentering af peptider vha. CID, ECD og ETD. Herunder nomenklaturen
- Analysere og fortolke peptid og protein spektre fra MS og tandem MS instrumenter. Herunder forstå principperne bag manuel fortolkning af peptidfragmentations spektre.
- Anvende bioinformatiske værktøjer til analyse af datasæt og kritisk evaluere opnåede resultater.
- Forstå og opstille eksperimentelle strategier som anvendes indenfor proteomeanalyse.
- Redegøre for principperne bag oprensning af specifikke post translationelle modifikationer (phosphorylering, glykosylering) og MS analyse af disse. Herunder forstå brugen af immoniumioner og neutrale tab.
- Redegøre for principperne for kvantitativ proteomanalyse strategier som stabil isotopmærkning og intensitets-profilering.
- Læse og forstå videnskabelige artikler om protein massespektrometri og proteomanalyse.
Indhold
- Principper bag massespektrometriske metoder til analyse af proteiner, peptider og post translationelle modifikationer. Herunder: matrix-assisted laser desorption/ionization, electrospray ionisering, masseanalysatorer og hybridinstrumenter.
- Metoder til prøveforberedelse forud for MS-analyse.
- Strategier til protein/peptid separation/oprensning forud for MS-analyse. Herunder elektroforetiske og kromatografiske teknikker.
- Strategier til analyse af post translationelle modifikationer, med phosphorylering og glycosylering som de vigtigste modifikationer i denne sammenhæng.
- Strategier til kvantitativ analyse af peptider/proteiner f.eks. i forbindelse med forskning i sygdomsmarkører.
- Computationel dataanalyse og søgninger mod databaser og anden relevant bioinformatisk analyse
Litteratur
Eksamensbestemmelser
Forudsætningsprøve a)
Tidsmæssig placering
Udprøvninger
Deltagelse i laboratorieøvelser, der vil blive udført i mindre grupper
EKA
Censur
Bedømmelse
Identifikation
Sprog
Hjælpemidler
ECTS-point
Uddybende information
Eksamenselement a)
Tidsmæssig placering
Forudsætninger
Type | Forudsætningsnavn | Forudsætningsfag |
---|---|---|
Delprøve | Forudsætningsprøve a) | N220005101, BMB205: Avancerede metoder i protein massespektrometri og proteomanalyse |
Udprøvninger
Rapport
EKA
Censur
Bedømmelse
Identifikation
Sprog
Hjælpemidler
ECTS-point
Uddybende information
En projektopgave udarbejdes på grundlag af den viden som deltagerne har opnået i forelæsninger, computerøvelser, laboratorieøvelser og litteraturstudier. De opnåede resultater analyseres og præsenteres. Opgaven forventes at indeholde teori, metoder, resultater, konklusion og perspektivering.
Eksamensformen ved reeksamen kan være en anden end eksamensformen ved den ordinære eksamen.
Vejledende antal undervisningstimer
Undervisningsform
- E-tests
- Artikellæsning (ca. 30 originalartikler)
Der udleveres en litteraturliste som indeholder 25-30 videnskabelige originalartikler og oversigtsartikler svarende til i alt ca. 200 sider med et forventet tidsforbrug på 25 timer. Artiklerne læses og drøftes i forbindelse med forelæsninger og laboratorieøvelser. Da kurset er et intenst og sammenhængende kursus, så vil kursusdagene veksle mellem introfase og træningsfase mens studiefasen vil ligge delvist før og efter kurset. E-tests vil blive brugt som studieaktivitet både før og under kurset og de studerende vil blive opfordret til at bruge blogs og discussionsboards til at facilitere deres læring og netværksdannelsen. Kurset evalueres ved skriftlig rapport som udarbejdes/opbygges som en videnskabelig artikel. Dette betyder at kurset får et omfang svarende til i alt 10 ECTS.