BMB205: Avancerede metoder i protein massespektrometri og proteomanalyse

Det Naturvidenskabelige Studienævn

Undervisningssprog: Engelsk
EKA: N220005112, N220005102
Censur: Intern prøve, Ekstern prøve
Bedømmelse: Bestået/Ikke bestået
Udbudssteder: Odense
Udbudsterminer: Efterår
Niveau: Ph.d.

STADS ID (UVA): N220005101
ECTS-point: 10

Godkendelsesdato: 09-03-2020


Varighed: 1 semester

Version: Arkiv

Kommentar

01012301 (tidligere UVA) er identisk med denne kursusbeskrivelse.
For tilmelding til dette kursus kontakt Pia Jensen pjensen@bmb.sdu.dk senest 30. maj.

Kurset har deltagerbegrænsning. Der lægges vægt på følgende kriterier i nedenstående rækkefølge ved tildelingen af pladser:

  1. Ph.d studerende efter tilmeldingstidspunkt
  2. Studerende, der har optjent flest ECTS på kandidatuddannelsen
  3. Studerende, der følger kandidatkurser samtidig med deres bacheloruddannelse (dispensation til 30 ECTS kandidatkurser) har herefter prioritet

Hvis der er pointmæssigt ligestillede blandt studerende i gruppe 1 til 3, trækkes der lod.

Fagmiljøerne på Det Naturvidenskabelige Fakultet forestår prioriteringen, og der oprettes en venteliste. Studerende, der ikke optages på kurset, men kommer på venteliste, får besked fra fakultetet. Ventelisten overføres ikke til det efterfølgende år.

Det er væsentligt at møde op til første kursusdag eller underrette underviseren, da der er venteliste på kurset.

Indgangskrav

Bachelorgrad (biomedicin, molekylær biologi eller lignende).

Faglige forudsætninger

Det forventes at deltagerne har en kandidatgrad eller tilsvarende kvalifikationer. Kurset kan dog efter aftale følges af kandidat-studerende som har bestået B.sc. Bemærk at kurset er et PhD kursus og niveauet derfor er højt.

Deltagerbegrænsning

18

Formål

I dette kursus vil avancerede metoder til protein karakterisering og funktionel genomics/proteomics blive introduceret, illustreret, diskuteret og afprøvet. Der vil blive lagt særlig vægt på separationsteknikker og massespektrometriske metoder, forberedelse af proteinprøver og analyse af resultater. Målet er at de studerende vil blive i stand til at overføre de præsenterede metoder og strategier til deres egen forskning. Desuden stræbes efter at deltagerne tilegner sig en solid baggrundsviden indenfor feltet, som vil hjælpe dem til at forstå og udnytte litteraturen, både hvad angår etablerede såvel som nye metoder indenfor massespektrometri og funktionel proteomanalyse. Kurset giver også de studerende en unik mulighed for at udvide deres netværk indenfor det videnskabelige felt.

Da kurset er et Ph.d.-kursus, forventes de studerende at have en akademisk uddannelse fra et relevant videnskabeligt område. De forventes at have kendskab til de generelle termer indenfor molekylærbiologi og biokemi og være i stand til at bruge videnskabelige metoder til at konstruere og udføre eksperimentelle analyser.


Det forventes at de studerende tager aktiv del i undervisningen og der vil blive brug redskaber fra SDUs e-læringsplatform under kurset. De studerende forventes også at læse en række artikler foreslået af underviserne.


De studerende forventes at kende til general laboratoriesikkerhed og være i stand til at arbejde i grupper.


For at opnå kursets formål er det læringsmålet for kurset, at den studerende demonstrerer evne til at:



  • Kunne vurdere selvstændigt, hvilke eksperimentelle metoder/strategier, der skal benyttes i forskellige eksperimentelle opsætninger. 

  • Drage konklusioner og reflektere baseret på fortolkning af data

  • Skrive en videnskabelig artikel baseret på resultater opnået ved eksperimentelt arbejde.

  • Beskrive teorien bag relevante metoder.

Målbeskrivelse

For at opnå kursets formål er det læringsmålet for kurset, at den studerende demonstrerer evnen til at:

  • Forklare grundprincipperne i massespektrometri (MS), dvs. opbygning, virkemåde og hvilke data der kan forventes fra et massespektrometer.

  • Redegøre for de gængse ioniseringsmetoder som anvendes indenfor proteinanalyse, dvs. MALDI og ESI og redegøre for forskellene mellem disse.

  • Forstå de basale principper for og forskelle mellem forskellige typer masseanalysatorer.

  • Redegøre for fragmentering af peptider vha. CID, ECD og ETD. Herunder nomenklaturen

  • Analysere og fortolke peptid og protein spektre fra MS og tandem MS instrumenter. Herunder forstå principperne bag manuel fortolkning af peptidfragmentations spektre.

  • Anvende bioinformatiske værktøjer til analyse af datasæt og kritisk evaluere opnåede resultater.

  • Forstå og opstille eksperimentelle strategier som anvendes indenfor proteomeanalyse.

  • Redegøre for principperne bag oprensning af specifikke post translationelle modifikationer (phosphorylering, glykosylering) og MS analyse af disse. Herunder forstå brugen af immoniumioner og neutrale tab.

  • Redegøre for principperne for kvantitativ proteomanalyse strategier som stabil isotopmærkning og intensitets-profilering.

  • Læse og forstå videnskabelige artikler om protein massespektrometri og proteomanalyse.

Indhold


  • Principper bag massespektrometriske metoder til analyse af proteiner, peptider og post translationelle modifikationer. Herunder: matrix-assisted laser desorption/ionization, electrospray ionisering, masseanalysatorer og hybridinstrumenter.

  • Metoder til prøveforberedelse forud for MS-analyse.

  • Strategier til protein/peptid separation/oprensning forud for MS-analyse. Herunder elektroforetiske og kromatografiske teknikker.

  • Strategier til analyse af post translationelle modifikationer, med phosphorylering og glycosylering som de vigtigste modifikationer i denne sammenhæng.

  • Strategier til kvantitativ analyse af peptider/proteiner f.eks. i forbindelse med forskning i sygdomsmarkører.

  • Computationel dataanalyse og søgninger mod databaser og anden relevant bioinformatisk analyse

Litteratur

Litteraturen vil være originalartikler. Liste vil blive udleveret før kursusstart.

Eksamensbestemmelser

Forudsætningsprøve a)

Tidsmæssig placering

Efterår

Udprøvninger

Deltagelse i laboratorieøvelser, der vil blive udført i mindre grupper

EKA

N220005112

Censur

Intern prøve

Bedømmelse

Bestået/Ikke bestået

Identifikation

Studiekort

Sprog

Følger, som udgangspunkt, undervisningssprog

Hjælpemidler

Oplyses på kurset

ECTS-point

0

Uddybende information

Forudsætningsprøven er en forudsætning for deltagelse i eksamenselement a)

Eksamenselement a)

Tidsmæssig placering

Efterår

Forudsætninger

Type Forudsætningsnavn Forudsætningsfag
Delprøve Forudsætningsprøve a) N220005101, BMB205: Avancerede metoder i protein massespektrometri og proteomanalyse

Udprøvninger

Rapport

EKA

N220005102

Censur

Ekstern prøve

Bedømmelse

Bestået/Ikke bestået

Identifikation

Fulde navn og SDU brugernavn

Sprog

Følger, som udgangspunkt, undervisningssprog

Hjælpemidler

Oplyses på kurset

ECTS-point

10

Uddybende information

En projektopgave udarbejdes på grundlag af den viden som deltagerne har opnået i forelæsninger, computerøvelser, laboratorieøvelser og litteraturstudier. De opnåede resultater analyseres og præsenteres. Opgaven forventes at indeholde teori, metoder, resultater, konklusion og perspektivering.

Eksamensformen ved reeksamen kan være en anden end eksamensformen ved den ordinære eksamen.

Vejledende antal undervisningstimer

60 timer per semester

Undervisningsform

Aktiviteter i studiefasen:

  • E-tests

  • Artikellæsning (ca. 30 originalartikler)


Der udleveres en litteraturliste som indeholder 25-30 videnskabelige originalartikler og oversigtsartikler svarende til i alt ca. 200 sider med et forventet tidsforbrug på 25 timer. Artiklerne læses og drøftes i forbindelse med forelæsninger og laboratorieøvelser. Da kurset er et intenst og sammenhængende kursus, så vil kursusdagene veksle mellem introfase og træningsfase mens studiefasen vil ligge delvist før og efter kurset. E-tests vil blive brugt som studieaktivitet både før og under kurset og de studerende vil blive opfordret til at bruge blogs og discussionsboards til at facilitere deres læring og netværksdannelsen. Kurset evalueres ved skriftlig rapport som udarbejdes/opbygges som en videnskabelig artikel. Dette betyder at kurset får et omfang svarende til i alt 10 ECTS.

Ansvarlig underviser

Navn E-mail Institut
Martin Røssel Larsen mrl@bmb.sdu.dk Institut for Biokemi og Molekylær Biologi

Yderligere undervisere

Navn E-mail Institut By
Pia Jensen pjensen@bmb.sdu.dk Institut for Biokemi og Molekylær Biologi

Skemaoplysninger

Administrationsenhed

Biokemi og Molekylær Biologi

Team hos Uddannelsesjura & Registratur

NAT

Udbudssteder

Odense

Anbefalede studieforløb

Profil Uddannelse Semester Udbuds periode