BMB209: Workshops i anvendt bioinformatik

Ingen

Bestået bachelorgrad på en naturvidenskabelig uddannelse eller lignende.

Studerende, der følger kurset, forventes at

• Have kendskab til basal statistik og dataanalyse.
• Forstå grundlæggende begreber inden for molekylær biologi.

På trods af et stort antal moderne programmer og værktøjer til at analysere og simulere biologiske data (bio.tools har registreret mere end 10.000), er manglende kendskab og praktisk erfaring begrænsende faktorer for udnyttelsen af disse, og som et resultat er det kun de mest populære og brugervenlige værktøjer der anvendes.

Denne serie af workshops har som mål at forbedre deltagernes kendskab til et udvalg af aktuelle og effektive analysemetoder gennem praktisk erfaring med programmer under vejledning af eksperter fra de respektive områder, inklusiv ‘omics’ dataanalyse, statistik, billedanalyse og simulering af biologiske systemer. De studerende vil lære hvordan man opretter og anvende software workflows til analyse af data med støj og opnå viden om hvordan man visuelt og konceptuelt beskriver de underliggende komplekse biologiske processer.

Rækken af workshop sigter mod at bibringe indsigt i moderne bioinformatik til studerende og interesserede forskere ved Institut for Biokemi og Molekylær Biologi, såvel som andre interessenter.

Undervisningsmaterialet vil ikke blot forbedre kendskabet til ukendt eller ny software, algoritmer og metoder, men også sænke den ofte stejle indlæringskurve der kan være ved ibrugtagningen af disse metoder.

Anerkendte og ofte internationale eksperter vil som oplægsholdere på workshops yderligere tilskynde og stimulere bedste praksis inden for bioinformatik.

For at opnå kursets formål er det læringsmålet for kurset, at den studerende demonstrerer evne til at:            

• Selvstændigt reproducere givne bioinformatisk analyseeksempler.
• Arbejde med komplekse data.
• Anvende sofistikeret software til analyse og datahåndtering
• Beskrive og skelne mellem forskellige analytiske metoder inden for bioinformatik.
• Objektivt kunne diskutere anvendte dataanalysemetoder præsenteret i f.eks. publikationer.
• Benytte online bioinformatiske ressourcer.

Kurset indeholder følgende faglige hovedområder: 

• Introduktion til software ressourcer inden for bioinformatik.
• Populære bioinformatiske dataanalysemetoder.
• Anvendelse af udvalgt software til analyse og håndtering af data.
• Præsentation af aktuelle udfordringer inden for bioinformatik af inviterede eksperter.

Se BlackBoard for pensumlister og yderligere litteraturhenvisninger.

På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.

Introfase: 8 timer

Træningsfase: 6 timer, heraf:

• Eksaminatorie: 6 timer

Aktiviteter i studiefasen 

I den individuelle rapport for den studerende til opgave at reproducere en given bioinformatisk analyse, eller workflow. Detaljerne vedrørende den individuelle opgave diskuteres i løbet af serien af workshops. Rapport bør fylde mindst 5 sider og maksimum 10, eksklusiv referencer. Den skal indeholde følgende: a) Introduktion og beskrivelse af opgaven; b) Oversigt over den studerendes valgte arbejdsgang til løsning af opgaven; c) Evaluering af resultater og konklusion.