FA509: Introduktion til farmaceutisk molecular modelling

Studienævn for farmaci

Undervisningssprog: Dansk, men engelsk ved internationale studerende
EKA: N560031102
Censur: Intern prøve, en bedømmer
Bedømmelse: Bestået/Ikke bestået
Udbudssteder: Odense
Udbudsterminer: Efterår
Niveau: Bachelor

STADS ID (UVA): N560031101
ECTS-point: 5

Godkendelsesdato: 08-04-2025


Varighed: 1 semester

Version: Godkendt - aktiv

Intern kursuskode

FA509

Kommentar

Den første del af kurset omhandlende force-field metoder og molekyledynamik samlæses med KE534/KE803. 
Valgfrit på farmacibachelor, 5. sem.

Deltagerbegrænsning
Kurset har deltagerbegrænsning og hvis der er flere tilmeldte end begrænsningen angiver, prioriteres de rettidigt tilmeldte efter dato for tilmelding.

Indgangskrav

FA509 kan ikke tages, hvis man har bestået eller er tilmeldt KE534.

Faglige forudsætninger

Studerende, der følger kurset, forventes at være bekendte med grundlæggende matematisk analyse, grundlæggende fysik og basal indledende organisk kemi.

Deltagerbegrænsning

30

Formål

Formålet med kurset er at give de studerende en oversigt over moderne metoder inden for molekyle modellering med anvendelser indenfor organisk- og biokemi samt farmaci. 

Målbeskrivelse

For at opnå kursets formål er det læringsmålet for kurset, at den studerende demonstrerer evnen til at:

  • Forstå hvilke kræfter der findes mellem atomer på molekylær skala, og hvordan man repræsenterer disse kræfter ved enkle modeller
  • Identificere og beskrive de moderne beregningsmetoder nævnt i indholdsoversigten;
  • Vurdere disse beregningsmetoders styrker og svagheder i forhold til løsning af problemer inden for organisk kemi og farmaci;
  • Udvælge relevante beregningsmetoder til at studere et givet problem;
  • Udføre computerberegninger med de valgte beregningsmetoder til løsning af et givet problem og fortolke resultatet af beregningerne.
  • At vise de grundlæggende principper for at bruge modellering til strukturbaseret og ligandbaseret rationel lægemiddeludvikling.

Indhold

Kurset indeholder følgende faglige hovedområder:
Force field-metoder, molekyldynamik, docking, ligand-baserede beregningsmetoder herunder pharmacophore modellering og QSAR. Kurset vil fortrinsvis lægge vægt på anvendelse af ovennævnte metoder til løsning af praktiske problemer. Ved øvelserne vil metoderne blive illustreret ved brug af beregningsprogrammer.

Litteratur

Frank Jensen: Introduction to Computational Chemistry, 3nd ed., Wiley.
Se itslearning for pensumlister og yderligere litteraturhenvisninger.

Eksamensbestemmelser

Eksamenselement a)

Tidsmæssig placering

Efterår

Udprøvninger

Projektopgave

EKA

N560031102

Censur

Intern prøve, en bedømmer

Bedømmelse

Bestået/Ikke bestået

Identifikation

Fulde navn og SDU brugernavn

Sprog

Følger, som udgangspunkt, undervisningssprog

Hjælpemidler

Oplyses på kurset 

ECTS-point

5

Uddybende information

Projektopgaven kan udføres i grupper af max. to deltagere. Individuel bedømmelse.

Vejledende antal undervisningstimer

40 timer per semester

Undervisningsform

Skemalagte undervisningstimer:  

Antal undervisningstimer i alt: 36
Heraf:  
Fællestimer i klasselokale/auditorium 20 
Holdtimer i laboratorium 16  

Kurset bygger primært på flipped-classroom metoden. Kurset består af klassetimer og computerøvelser. Før en given klassetime skal de studerende se en video der gennemgår læringsmaterialet og i timerne arbejdes der med spørgsmål og/eller opgaver til læringsmaterialet. Ved computerøvelserne arbejdes der med specifikke øvelser der illustrerer de teoretiske koncepter.



Andre planlagte undervisningsaktiviteter:  

  • Læsning af lærebogens materiale
  • Opgaveløsning herunder udførelse af computerøvelser
  • Udarbejdelse af afsluttende projekt

Ansvarlig underviser

Navn E-mail Institut
Himanshu Khandelia hkhandel@sdu.dk Kemi og Farmaci
Jacob Kongsted kongsted@sdu.dk Institut for Fysik, Kemi og Farmaci

Skemaoplysninger

Administrationsenhed

Fysik, kemi og Farmaci

Team hos Registratur

NAT

Udbudssteder

Odense

Anbefalede studieforløb

Overgangsordninger

Overgangsordninger beskriver, hvordan et kursus erstatter et andet kursus, når der ændres i et studieforløb.
Hvis der er lavet en overgangsordning for et kursus vil den fremgå af oversigten.
Se overgangsordninger for alle kurser på Det Naturvidenskabelige Fakultet.