FA509: Introduktion til farmaceutisk molecular modelling
Studienævn for farmaci
Undervisningssprog: Dansk, men engelsk ved internationale studerende
EKA: N560031102
Censur: Intern prøve, en bedømmer
Bedømmelse: Bestået/Ikke bestået
Udbudssteder: Odense
Udbudsterminer: Efterår
Niveau: Bachelor
STADS ID (UVA): N560031101
ECTS-point: 5
Godkendelsesdato: 08-04-2025
Varighed: 1 semester
Version: Godkendt - aktiv
Intern kursuskode
Kommentar
Den første del af kurset omhandlende force-field metoder og molekyledynamik samlæses med KE534/KE803.
Valgfrit på farmacibachelor, 5. sem.
Valgfrit på farmacibachelor, 5. sem.
Deltagerbegrænsning
Kurset har deltagerbegrænsning og hvis der er flere tilmeldte end begrænsningen angiver, prioriteres de rettidigt tilmeldte efter dato for tilmelding.
Indgangskrav
Faglige forudsætninger
Studerende, der følger kurset, forventes at være bekendte med grundlæggende matematisk analyse, grundlæggende fysik og basal indledende organisk kemi.
Deltagerbegrænsning
Formål
Formålet med kurset er at give de studerende en oversigt over moderne metoder inden for molekyle modellering med anvendelser indenfor organisk- og biokemi samt farmaci.
Målbeskrivelse
For at opnå kursets formål er det læringsmålet for kurset, at den studerende demonstrerer evnen til at:
- Forstå hvilke kræfter der findes mellem atomer på molekylær skala, og hvordan man repræsenterer disse kræfter ved enkle modeller
- Identificere og beskrive de moderne beregningsmetoder nævnt i indholdsoversigten;
- Vurdere disse beregningsmetoders styrker og svagheder i forhold til løsning af problemer inden for organisk kemi og farmaci;
- Udvælge relevante beregningsmetoder til at studere et givet problem;
- Udføre computerberegninger med de valgte beregningsmetoder til løsning af et givet problem og fortolke resultatet af beregningerne.
- At vise de grundlæggende principper for at bruge modellering til strukturbaseret og ligandbaseret rationel lægemiddeludvikling.
Indhold
Kurset indeholder følgende faglige hovedområder:
Force field-metoder, molekyldynamik, docking, ligand-baserede beregningsmetoder herunder pharmacophore modellering og QSAR. Kurset vil fortrinsvis lægge vægt på anvendelse af ovennævnte metoder til løsning af praktiske problemer. Ved øvelserne vil metoderne blive illustreret ved brug af beregningsprogrammer.
Force field-metoder, molekyldynamik, docking, ligand-baserede beregningsmetoder herunder pharmacophore modellering og QSAR. Kurset vil fortrinsvis lægge vægt på anvendelse af ovennævnte metoder til løsning af praktiske problemer. Ved øvelserne vil metoderne blive illustreret ved brug af beregningsprogrammer.
Litteratur
Frank Jensen: Introduction to Computational Chemistry, 3nd ed., Wiley.
Se itslearning for pensumlister og yderligere litteraturhenvisninger.
Se itslearning for pensumlister og yderligere litteraturhenvisninger.
Eksamensbestemmelser
Eksamenselement a)
Tidsmæssig placering
Efterår
Udprøvninger
Projektopgave
EKA
N560031102
Censur
Intern prøve, en bedømmer
Bedømmelse
Bestået/Ikke bestået
Identifikation
Fulde navn og SDU brugernavn
Sprog
Følger, som udgangspunkt, undervisningssprog
Hjælpemidler
Oplyses på kurset
ECTS-point
5
Uddybende information
Projektopgaven kan udføres i grupper af max. to deltagere. Individuel bedømmelse.
Vejledende antal undervisningstimer
Undervisningsform
Skemalagte undervisningstimer:
Antal undervisningstimer i alt: 36
Heraf:
Fællestimer i klasselokale/auditorium 20
Holdtimer i laboratorium 16
Kurset bygger primært på flipped-classroom metoden. Kurset består af klassetimer og computerøvelser. Før en given klassetime skal de studerende se en video der gennemgår læringsmaterialet og i timerne arbejdes der med spørgsmål og/eller opgaver til læringsmaterialet. Ved computerøvelserne arbejdes der med specifikke øvelser der illustrerer de teoretiske koncepter.
Andre planlagte undervisningsaktiviteter:
- Læsning af lærebogens materiale
- Opgaveløsning herunder udførelse af computerøvelser
- Udarbejdelse af afsluttende projekt
Ansvarlig underviser
| Navn | Institut | |
|---|---|---|
| Himanshu Khandelia | hkhandel@sdu.dk | Kemi og Farmaci |
| Jacob Kongsted | kongsted@sdu.dk | Institut for Fysik, Kemi og Farmaci |
Skemaoplysninger
Administrationsenhed
Team hos Registratur
Udbudssteder
Anbefalede studieforløb
Overgangsordninger
Overgangsordninger beskriver, hvordan et kursus erstatter et andet kursus, når der ændres i et studieforløb.
Hvis der er lavet en overgangsordning for et kursus vil den fremgå af oversigten.
Se overgangsordninger for alle kurser på Det Naturvidenskabelige Fakultet.
Se overgangsordninger for alle kurser på Det Naturvidenskabelige Fakultet.