BMB511: Bioinformatik I
Det Naturvidenskabelige Studienævn
Undervisningssprog: På dansk eller engelsk afhængigt af underviser, men engelsk ved internationale studerende
EKA: N200005112, N200005102
Censur: Intern prøve, en bedømmer, Intern prøve, to eller flere bedømmere
Bedømmelse: Bestået/Ikke bestået, 7-trinsskala
Udbudssteder: Odense
Udbudsterminer: Efterår
Niveau: Bachelor
STADS ID (UVA): N200005101
ECTS-point: 5
Godkendelsesdato: 31-03-2022
Varighed: 1 semester
Version: Arkiv
Indgangskrav
Faglige forudsætninger
Studerende, der følger kurset, forventes at
- Have kendskab til grundlæggende molekylærbiologiske begreber og biokemiske processer. Herunder det centrale dogme, nukleinsyre- og protein struktur.
- Have et basalt kendskab til proteinkemi (BMB533 eller lignende forudsættes kendt)
- Kunne anvende internet og standard computerprogrammer
Formål
At give den studerende en indsigt i anvendelse af bioinformatik og biologisk data science, samt betydningen af og baggrunden for biologiske databaser og programmer i biologi og biomedicin. Den studerende får gennem praktiske øvelser kendskab til bioinformatikken og de bagvedliggende biologiske fænomener og lærer at forholde sig til analyserne og resultaterne.
Kurset vil tage de studerende bag softwaren for at se, hvordan forskere bruger deres viden om biologi for at konstruere bioinformatiske værktøjer. Desuden trænes de studerende i at analysere eksperimentelle data, såvel kvalitativt som kvantitativt. Ydermere trænes den studerende i at vurdere og kommentere medstuderendes besvarelser og i at formulere tekst om bioinformatiske begreber. I kurset vil der blive diskuteret og reflekteret over, hvilke teoretiske og praktisk etiske problemstillinger, der ligger i faget samt fagets samfundsmæssige funktion.
Studerende, der følger kurset, forventes at have kendskab til grundlæggende molekylærbiologiske begreber og biokemiske processer. Herunder det centrale dogme, nukleinsyre- og protein struktur.
Kurset forudsætter aktiv deltagelse. Kurset gør brug af funktioner i SDU’s e-læringssystem herunder self- og peer assessments. Deltagelse i kurset forudsætter derfor, at den studerende behersker disse funktioner og accepterer de udstukne deadlines.
I forhold til uddannelsens kompetenceprofil har kurset eksplicit fokus på at bidrage til følgende kompetencer:
- viden om teori og eksperimentelle metoder inden for de biokemiske og molekylær biologiske fagområder
- viden om den videnskabelige terminologi, der anvendes inden for de biokemiske, molekylærbiologiske og biomedicinske fagområder
- viden om betydningen af biologiske databaser i moderne biomedicin og molekylær biologi
- at kunne forstå hvorledes naturvidenskabelig viden opnås ved et samspil mellem teori og eksperiment
- at kunne tilegne sig ny viden på en effektiv og selvstændig måde og kunne anvende denne viden reflekterende
- at kunne forstå at tilgangen til fagets centrale emner og metoder er uafhængig af nationale grænser
- anvende en eller flere biokemiske og molekylærbiologiske teorier og metoder
- undersøge konkrete biokemiske og molekylærbiologiske fænomener teoretisk og/eller eksperimentelt
- anvende bioinformatik i praksis
Målbeskrivelse
Når kurset er færdigt, forventes den studerende at:
- Kende til de vigtigste dataformater og koncepter indenfor behandling af DNA, RNA, og protein data.
- Kunne finde, ekstrahere og udnytte den information, der ligger i de vigtigste biologiske databaser (f.eks. UniProt.org) og forstå deres opbygning og vigtigste karakteristika.
- Kende til og anvende bioinformatiske redskaber til at karakterisere og sammenligne nukleinsyre sekvenser.
- Kende til og anvende bioinformatiske teknikker til at undersøge og sammenligne proteiners sekvens, struktur og funktion.
- Forstå de vigtigste koncepter til at analysere og visualisere kvantitativ data fra -omics eksperimenter, herunder transcriptomics og proteomics.
- Forstå principperne bag gen-ontologi og dens anvendelse på molekylære netværk.
- Kende til koncepterne bag systembiologi.
- Forstå vigtigheden af open source kode og open data politikker og dertilhørende etiske overvejelser.
- Analysere digitale billeder dannet gennem optisk mikroskopi af biologiske prøver og kunne trække information om cellulære processer ud af billederne
Indhold
Kurset indeholder følgende faglige hovedområder:
- Bioinformatiske data og databaser
- Kvalitativ analyse af biomolekyler
- Kvantitativ analyse af biomolekyler
- Bioinformatisk billedanalyse
- Åben data og etik i bioinformatik
Litteratur
- Præsentationer fra forelæsninger.
- Udleverede noter, artikler og opgaver.
Studiematerialet vil blive gjort tilgængeligt via itslearning.
Eksamensbestemmelser
Forudsætningsprøve a)
Tidsmæssig placering
Efterår
Udprøvninger
Godkendelse af øvelsesopgavebesvarelser, der bedømmes samlet
EKA
N200005112
Censur
Intern prøve, en bedømmer
Bedømmelse
Bestået/Ikke bestået
Identifikation
Fulde navn og SDU brugernavn
Sprog
Følger, som udgangspunkt, undervisningssprog
Hjælpemidler
Oplyses på kurset
ECTS-point
0
Uddybende information
Forudsætningsprøven er en forudsætning for deltagelse i eksamenselement a)
Eksamenselement a)
Tidsmæssig placering
Januar
Forudsætninger
| Type | Forudsætningsnavn | Forudsætningsfag |
|---|---|---|
| Delprøve | Forudsætningsprøve a) | N200005101, BMB511: Bioinformatik I |
Udprøvninger
Skriftlig eksamen
EKA
N200005102
Censur
Intern prøve, to eller flere bedømmere
Bedømmelse
7-trinsskala
Identifikation
Studiekort
Sprog
Følger, som udgangspunkt, undervisningssprog
Varighed
3 timer
Hjælpemidler
Alle almindelige hjælpemidler er tilladte fx lærebøger, egne noter, computerprogrammer som ikke benytter internettet m.v.
Internet er ikke tilladt. Du må dog gå ind på kursets hjemmeside i itslearning i forbindelse med udfyldelse af MCQ-test. Noter fra kurset, som du ønsker at anvende som hjælpemidler, skal downloades til din computer senest dagen før eksamenen. Under eksamenen er det ikke sikkert at alt kursusmateriale er tilgængeligt for dig.
ECTS-point
5
Vejledende antal undervisningstimer
Undervisningsform
På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.
- Introfase: 20 timer
- Træningsfase: 22 timer, heraf: Laboratorieøvelser: 22 timer
Aktiviteter i studiefasen:
- Peer assessments
- Assignment
- Artikler
Introfasen består af forelæsninger, som introducerer kursets emner og supplerer indholdet i de relevante tekster med yderligere viden og perspektivering. Dvs. forelæsningerne indeholder læring, der ikke nødvendigvis kan genfindes i teksterne, men som kan findes i forelæsningsslides/noter.
I træningsfasen arbejdes selvstændigt, primært med brug af forskellige fagrelevante redskaber suppleret med teoretiske spørgsmål og øvelser i at beskrive, evaluere og forklare de opnåede resultater. De studerende har i træningsfasen adgang til dialog med instruktor og/eller underviser samt med medstuderende. De trænes i de i kursusbeskrivelsen beskrevne målbeskrivelser. Træningsfasen indeholder bl.a. peer assessments, som afleveres og evalueres løbende under kursus. Disse indgår i forudsætningsprøven.
I studiefasen forventes de studerende at arbejde med selvstudium af udvalgte artikler og diverse opgaver.
Forelæsningerne (introfasen), teksterne (del af studiefasen) og øvelserne i træningsfasen er tænkt som et supplement til hinanden.
På kursets side i SDU's e-læringssystem findes der nærmere information om afleveringsfrist for forudsætningsprøvens delelementer og evt. genafleveringsmuligheder. Alle elementer skal afleveres, dvs. inklusiv peer reviews.
Ansvarlig underviser
Yderligere undervisere
| Navn | Institut | By | |
|---|---|---|---|
| Daniel Wüstner | wuestner@bmb.sdu.dk | Institut for Biokemi og Molekylær Biologi | |
| Ole Nørregaard Jensen | jenseno@bmb.sdu.dk | Institut for Biokemi og Molekylær Biologi | |
| Veit Schwämmle | veits@bmb.sdu.dk | Institut for Biokemi og Molekylær Biologi |
Skemaoplysninger
Administrationsenhed
Team hos Uddannelsesjura & Registratur
Udbudssteder
Anbefalede studieforløb
Overgangsordninger
Overgangsordninger beskriver, hvordan et kursus erstatter et andet kursus, når der ændres i et studieforløb.
Hvis der er lavet en overgangsordning for et kursus vil den fremgå af oversigten.
Se overgangsordninger for alle kurser på Det Naturvidenskabelige Fakultet.
Se overgangsordninger for alle kurser på Det Naturvidenskabelige Fakultet.